Nebylo jednoznačně prokázáno, že by bakterie, které se v kartáčku na zuby usazují, měly nepříznivé účinky na zdraví. Přesto je však vhodné udržovat kartáček čistý. Po použití jej důkladně opláchněte vodou a uložte jej ve svislé poloze a nechte volně oschnout. Nezakrývejte kartáček a neuchovávejte ho v uzavřené nádobě, může to podporovat růst nežádoucích bakterií. Na cesty můžete použít pouzdro, igelitový sáček nebo skládací cestovní kartáček, ale jakmile dorazíte do cíle, vybalte ho a uchovávejte ho odkrytý na čistém a suchém místě.
Jsou-li v jednom kelímku nebo držáku kartáčky více členů domácnosti, nesmí se navzájem dotýkat. Kelímek nebo držák musí být co nejdále od záchodu nebo v suché a větrané skřínce nebo zásuvce. Elektrické zubní kartáčky se také suší postavené ve svislé poloze.
K čistotě kartáčku může přispět opláchnutí ústní vodou. Podle některých výzkumů může ponoření zubního kartáčku do 3% peroxidu vodíku nebo některých ústních vod snížit množení bakterií. Neodporučuje se mýt kartáček na zuby v myčce na nádobí nebo jej čistit ošetřením v mikrovlnné troubě nebo ultrafialovým zářením, protože ho to může poškodit.
Zubní kartáček s nikým nesdílejte a nikomu ho nepůjčujte ani jednorázově, protože tím napomůžete přenosu tělesných tekutin, cizích bakterií nebo virů.
Účinnost zubního kartáčku klesá s opotřebováním štětinek, proto ho vyměňte za nový vždy po 2-4 měsících, ale i dříve, pokud na něm zpozorujete změny.