Dostat se ke smazaným zprávám a zkopírovat je z Whatsapp na jiný nosič není pro odborníky a případné zdatné nepoctivce příliš náročné. Nejsnazší to pak je, pokud mají fyzický přístup k chytrému telefonu. OCU proto doporučuje, aby uživatelé zvolili prvky ochrany, jakými jsou například zámek na otisk prstu či dostatečně komplikovaný obrazec, jenž je nutné zadat při odemknutí telefonu.
Nejedná se o jediný problém populární aplikace. WhatsApp je dlouhodobě nechvalně proslulý sáhodlouhými a nevýhodnými obchodními podmínkami. Aplikace sleduje doslova každý uživatelův krok za pomoci GPS, její vývojáři si pak nárokují autorská práva na veškerý obsah konverzací. Již před rokem ji za podobné nepřátelské zacházení s uživateli kritizovala rakouská spotřebitelská organizace Verein für Konsumenteninformation. Ta poukazovala na to, že obchodní podmínky si uživatel může přečíst teprve po tom, co schválí přístup aplikace do soukromí. Doporučuje proto pro službu používat lépe zabezpečené a ošetřené klienty třetích stran.
WhatsApp čelil kritice i z jiného důvodu. V žebříčku největších „žroutů baterie“, který sestavil britský server Bitterwallet, se WhatsApp umístil mezi deseti aplikacemi, které nejvíce vybíjejí telefon.