Používání antibiotik v nadměrné míře nebo nesprávným způsobem může vést k tzv. bakteriální rezistenci nejen u lidí, ale také u zvířat. Státní veterinární správa (SVS) proto dlouhodobě kontroluje užívání antibiotik v chovech i případný nadlimitní výskyt jejich reziduí v potravinách živočišného původu. V roce 2021 zaměstnanci SVS vyšetřili celkem 1810 vzorků. Povolený obsah reziduí antibiotických látek byl překročen ve třech případech. Většinou šlo o nedodržení lhůty po poslední aplikaci léku nebo o jeho nevhodném použití. Nevyskytl se žádný případ překročení maximálního limitu u hromadně podávaných léků cestou medikovaného krmiva nebo vody k napájení.
Veterináři i chovatelé se v tomto směru chovají čím dál zodpovědněji. Zatímco v období 2008–2018 se spotřeba veterinárních antibiotik v hospodářských chovech v ČR snížila o polovinu, v letech 2020–2021 jen meziročně klesla o 11 %. Současný průměr spotřeby veterinárních antibiotik v Evropě je 84,4 mg/PCU, v České republice 50 mg/PCU.
Cíleně používaná antibiotika v chovech snižují četnost, závažnost a zdravotní dopady infekčních onemocnění a následné ekonomické ztráty. V EU je od roku 2006 u potravinových zvířat zakázáno používat antibiotika ke stimulaci růstu a produkce.