Nejdříve odstraňte zbytky jídla. Vnitřek přístroje otřete lehce navlhčeným hadříkem s neagresivním čisticím prostředkem. Některé modely mají funkci automatického čištění. Je vhodné vnitřek osušit a očistit po každém použití. Pokud máte mikrovlnnou troubu s grilem nebo kombinovanou troubu, postarejte se také o topné těleso. Řiďte se při tom instrukcemi výrobce. Věnujte pozornost všem rohům a skulinkám, povrch některých mikrovlnek může rezivět. Pokrývejte pokrmy při ohřevu nebo vaření vhodným poklopem.
Vyčistěte otočný talíř. Pokud to výrobce připouští, vložte jej do myčky. Pokud ne, po vyjmutí z mikrovlnky jej umyjte horkou vodou a prostředkem na mytí nádobí. Není-li příliš špinavý, postačí hadřík z mikrovlákna namočený v octové vodě.
Odstraňte odolné skvrny. Vložte do mikrovlnky misku s vodou, zahřejte ji 2–3 minuty a pak nechte dvířka spotřebiče několik minut zavřená. Nyní můžete vyčistit stěny a horní část mikrovlnné trouby hadříkem navlhčeným v octové vodě, protože ocet má odmašťovací účinek. Poté vnitřek dobře osušte.
Nepříjemných pachů se zbavíte pomocí jedlé sody. Smíchejte malé množství jedlé sody s horkou vodou a misku nechte 2 minuty v zavřené mikrovlnce. Pak ji vyjměte a osušte prostor měkkým hadříkem.