Studie univerzity ve Valencii v Itálii ovládla novinové titulky – nádrže kávovaru na vodu, držáky na kapsle či výpusti by měly být místy, kde se v domácnosti najde nejvíce bakterií. Těm podle studie vyhovuje zvláště teplo, vlhko a přítomnost organických částic.
Podle Altroconsumo je studie sice založená na faktech, její zjištění jsou však příliš zjednodušující a počítají s tím, že spotřebitel zanedbává základní údržbu. Stačí dodržovat několik základních kroků a bakteriální infekce by hrozit neměla.
Spotřebitelé by rozhodně v přístroji neměli nechávat nic, co v něm být nemusí. To platí jak pro vypotřebované kapsle, tak i pro vodu v nádržce. Obojí by měli po použití přístroje vylít či vyhodit. Samotný přístroj je pak nutné čas od času vyčistit, rozhodně ale není potřeba používat drahé čisticí prostředky. Bohatě postačí teplá voda s trochou octa či jedlé sody.
Zásobník na kapsle a odkapávač je dobré jednou za čas umýt v myčce na nádobí. Altroconsumo takovou údržbu doporučuje pro všechny druhy kávovarů, nejen pro ty kapslové. Uznává však, že u kávovarů na instantní kávu či kávu v tabletách hrozí nižší riziko vzniku bakterií. Káva se v takovém přístroji rozpustí, uvnitř nezůstane žádný obal, v němž by se bakterie mohly množit.
Kapslové kávovary čelí i další kritice. Hlavním důvodem je ekologická zátěž, kterou představují kapsle ze směsi hliníku a plastu, jež jsou jen těžko recyklovatelné či ekologicky odbouratelné. Na jednu osmigramovou kapsli přitom podle rakouské spotřebitelské organizace Verein für Konsumenteninformation připadá rovných pět gramů takového odpadu. Problém je i v tom, že obliba kapslí zvyšuje poptávku po hliníku, jehož těžba je sama o sobě značně neekologická.